《暗算》分三个部分，分别是——第一部《听风》、第二部《看风》、第三部《捕风》。三者相对独立，又千丝万缕。
听风，即无线电侦听者；这是一群“靠耳朵打江山”的人，他们的耳朵可以听到天外之音，无声之音，秘密之音。
看风，即密码破译的人；这是一群“善于神机妙算”的人，他们的慧眼可以识破天机，释读天书，看阅无字之书。
捕风，即我党地下工作者；在国民党大肆实施白色恐怖时期，他们是牺牲者，更是战斗者，他们乔装打扮，深入虎穴，迎风而战，为缔造共和国立下了不朽的丰功伟业。
第一部《听风》
讲述是安在天和瞎子阿炳的故事。
故事发生在1950年秋——1952年春。这是我们国家军事上最吃力、国家面临最大变数之季。军事上，北边要打美国人，南方大山深处又聚集着众多国民党残部，需要尽快一举歼灭。美朝战争的爆发，使蒋介石及众多残匪追随者又死灰复燃，反攻大陆的诱惑使隐藏在全国上下的特务都摩拳擦掌，企图改写中国历史。
有资料指出，当时国内有近十万特务，主要活动在各大城市，他们到处搞爆炸，破坏公众设施，散布谣言，扰乱军心民心。特务的活动当然是地下的，联络主要用的是无线电，这是他们的命脉，也是我们要粉碎特务组织的主要战线。无线电联络就怕侦听，即空中拦截。只要知道对方联络的频率和时间，任何人都
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然后有一天，台湾本岛与大陆联系的电台一夜之间都失踪了。在茫茫然的无线电海洋里，各种电台多如鱼虾，要找到一部特定的电台，犹如在森林里寻找一片特定的树叶，其难度可想而知，不但需要你夜以继日，更需要你有一双灵敏的耳朵。
于是，有了安在天寻找阿炳和阿炳寻找敌台的故事。
阿炳是一个异人，他什么都看不见，却什么都听得见……
第二部《看风》
讲述的是安在天和天才数学家黄依依的爱情故事。
故事发生在1960年春——1962年秋。这一时期也是我们国家最为困难之时期，内有三年自然灾害，外有积聚多年的苏联外债要还，可谓是内忧外困。国际上，东西两大阵营对峙，冷战加剧，各国间谍多如牛毛。物质的贫乏，锁国的政策，直接导致的是人们精神世界的简单、苍白，爱情只是一种古老的习惯，一种生存的需要，而不是精神的追求。男女有别，就像社、资之别一样明确而固执，需要人人谨慎直面，不能含糊。在这种世风、这种世俗之下，一个人追求个性自由、向往美好的爱情，自然成了一个异数，成了一道令人刮目相看又谈之色变的风景。
故事开始前的几年，安在天一直在苏联以向破译大师安德罗学习破译密码技术之名，从事隐秘的间谍活动。然后有一天，他被701总部突然召回，一个新的故事便应运而生。原来是敌人的密码变了！
于是，又有了安在天寻找黄依依和黄依依破译密码的故事。
黄依依生自东方，来自西方，她有神的智慧，有天使的一面，而在那个闭关锁国的年代，天使的一面似乎常常被误解为魔鬼的一面……
第三部《捕风》
讲述的是安在天父亲和母亲的故事。
故事发生在二十世纪30年代的上海。
1931年，对于处在白包恐怖中的中共地下组织来说又是雪上加霜的一年，这一年4月24日，中共中央政治局委员、中共中央特科负责人顾顺章变节。由此，上海地下组织遭到重创，设在上海的中共中央也被迫紧急撤离上海。一时间，上海的地下组织几乎有点群龙无首，发往苏区的情报一度也中断了。
然而，前方，国民党正在加紧组织更大规模的第四次围剿。为了取得反围剿的胜利，转移到苏区的中央迫切地需要上海、南京等地下组织提供可靠的军事情报。正是在这种情况下，党中央派出特使前往上海，准备重振上海地下组织的活力和威力。不幸的是，特使到上海的行动暴露了，而唯一的知情者，安在天的父亲，却被软禁在某处。他如何才能把情报传出去……
最简单，而又最复杂，他用了……
